Инструкция по поиску в PubMed (ПабМед). Часть 1 из 2

• 1. Введение
• 2. Краткая характеристика системы PubMed
• 2.1. Главный поисковый экран PubMed 
• 3.1. Поиск по ключевым словам (терминам) 
• 3.1.1. Указатель медицинских предметных рубрик (MeSH Translation Table);
• 3.1.2. Указатель журналов (Journals Table) 
• 3.1.3. Указатель фраз (Рhrase List) 
• 3.1.4. Авторский указатель (Author Index) 
• 3.2. Поиск термина по корню слова (Truncation) 
• 3.3. Логические операторы (Вооlеаn Ореrаtоrs) 
• 3.4. Ограничения (Limits) 
• 3.5. Поиск по фразам (Рhrase Search) 
• 3.6. Поиск по автору (Аuthоr Sеаrch) 
• 3.7. Поиск по заглавию журнала (Journal Search) 
• 3.7.1. Журнальная база данных (Journals Database) 
• 3.8. Поиск по предметным рубрикам (MeSH Sеаrch) 
• 3.8.1. База данных предметныx рубрик (МеSH Database) 
• 3.8.2. Поиск по предметным рубрикам (MeSH) с использованием Limits 

Настоящая инструкция составлена в помощь русскоязычной аудитории, желающей научиться поиску медицинской литературы в системе PubMed (Пабмед). Инструкция включает краткое описание PubMed и ее основных элементов, а также характеристику важнейших методов поиска в системе. Инструкция может быть использована как медицинскими специалистами, так и широкой публикой, желающей получить доступ к медицинской информации ? научным статьям, либо популярной литературе на медицинские темы. Важно помнить, что поскольку поиск в PubMed может вестись только на английском языке, пользователь должен обладать хотя бы минимальным знанием английского. В помощь тем, кто не владеет медицинской терминологией, на вебсайте MedInfoRus приведен список медицинских словарей и справочников. В тексте инструкции при первом упоминании нового термина приводится его название на английском языке. Это сделано с целью знакомства читателя с основной поисковой терминологий и облегчения дальнейшего чтения литературы по PubMed. Инструкция предназначена для поиска в PubMed через оригинальный интерфейс Национальной Медицинской Бибилиотеки США (National Library of Medicine - NLM). Данный интерфейс позволяет использовать различные методы поиска, многочисленные вспомогательные средства и дополнительные ресурсы, связанные с PubMed. Инструкция представляет собой вспомогательное пособие и не преследует цели заменить подробное руководство по поиску в PubMed, подготовленный NLM. Руководство дает детальное описание системы и должно использоваться во всех случаях, требующих дополнительных разъяснений. Доступ к нему можно получить с главного поискового экрана PubMed. Кроме того, ссылки на различные инструкции, учебники и прочие справочные материалы по PubMed находятся на вебсайте http://nnlm.gov/hip/.

Инструкция, разработанная в 2002 г., была пересмотрена и дополнена в 2006 г., чтобы отразить изменения, произведенные в системе PubMed за текущие годы.

Инструкцию составили русскоговорящие библиотекари, работающие в медицинских библиотеках США:
Людмила Долинская, MLS, AHIP, Lutheran Medical Center, Brooklyn, NY Елена Фридман, MLS, AHIP, Staten Island University Hospital, NY Римма Перельман, MLS, AHIP, Saint Vincent's Hospital - Manhattan , New York Medical College, New York, NY.

Адрес: www.pubmed.gov

PubMed ? это электронно-поисковая система, разработанная NLM. PubMed включает:

• MEDLINE (Медлайн)
• PreMEDLINE
• издательские описания

MEDLINE ? база данных медицинской информации, включающая библиографические описания (citations) из более чем 4800 медицинских периодических изданий со всего мира, начиная с начала 1960-х. В настоящее время MEDLINE доступна бесплатно для поиска через Интернет как для специалистов, так и для широкой публики.

MEDLINE включает описания статей из медицинских журналов и других периодических изданий на 30 языках, включая русский (заглавия статей переводятся на английский язык). Примерно 76% описаний включают рефераты (abstracts). Около 9 000 описаний вводятся в MEDLINE еженедельно ? свыше 571 000 в год*. По тематике MEDLINE включает широкий спектр областей, относящихся к биологии и медицине: научные исследования и их методология, клиническая практика, медсестринское дело, стоматология, фармакология, ветеринария, а также смежные дисциплины, в частности, медицинские аспекты биологии, зоологии, ботаники и охраны окружающей среды.

Подробное описание MEDLINE на английском языке можно найти в информационном листке NLM по адресу: http://www.nlm.nih.gov/pubs/fa... .

PreMEDLINE ? файл библиографических описаний, введенных в базу данных сравнительно недавно и еще не прошедших процедуры индексирования. В процессе индексирования к каждому описанию добавляется список предметных рубрик, отражающих смысловое содержание документа, из специального поискового словаря ? тезауруса, который называется MeSH List (Medical Subject Headings List) ? подробнее смотри в разделе 3.1.1. В дальнейшем поиск в PubMed может вестись по предметным рубрикам, что повышает полноту и точность поиска.

Библиографические описания, принадлежащие PreMEDLINE, имеют специальную пометку [PubMed - in process]. После прохождения индексирования документы из PreMEDLINE перемещаются в MEDLINE.

Файл издательских описаний включает записи, полученные NLM от издательств электронным методом. Они обозначены пометкой [PubMed ? as supplied by publishers]. Издательские описания не имеют при себе предметных рубрик.

Помните! Библиографические описания, не прошедшие процедуры индексирования, не будут найдены в результате поиска по предметным рубрикам. Эти описания следует искать другими способами ? по тексту, заглавию или выходным данным. Основные методы поиска в PubMed будут рассмотрены ниже. (Данные на 2004 г.)

Рис. 1

Главный поисковый экран PubMed показан на рисунке 1. Слева на голубом вертикальном поле (sidebar) находятся ссылки на различную информацию, вспомогательные средства и ресурсы PubMed:

About Entrez ? информация о системе Entrez, частью которой является PubMed.

Text Version - текстовая версия PubMed в случае отсутствия графического интерфейса на вашем компьютере.

Entrez PubMed ? под этим заголовком помещены важные ссылки на источники различной справочной информации по PubMed:

• Overview ? общее описание PubMed;
• Help / FAQ (Frequently Asked Questions) ? помощь по PubMed и часто
• задаваемые вопросы: подробное описание всех элементов и средств поиска;
• Tutorials ? интерактивные руководства по пользованию PubMed;
• New/Noteworthy ? сведения о дополнениях и изменениях, произведенных в
• PubMed за последнее время.
• E-Utilities (Entrez Programming Utilities) ? Специальные средства программирования, обеспечивающие доступ к базе данных PubMed, минуя веб интерфейс.

PubMed Services ? поисковые средства PubMed, включающие:

• Journals Database
• MeSH Database
• Single Citation Matcher 5
• Batch Citation Matcher
• Clinical Queries
• Special Queries
• Link Out
• My NCBI (см. разделы 3 & 5)

Related Resources ? прочие ресурсы, связанные с PubMed (см. раздел 6).

Наверху экрана расположено поисковое окошко, в котором нужно напечатать по-английски информационный запрос, например, медицинский термин, фамилию автора или заглавие журнала.

Под поисковым окошком находится серая полоса (bar), на которой расположены клавиши с названиями команд. Правила использования данных команд изложены в разделах 3.4 & 3.9.

В центре экрана помещаются указания по проведению поиска, различные сообщения для пользователей PubMed, а также краткое описание системы. 

PubMed позволяет производить поиск различной степени сложности. Простейшим является поиск по ключевым словам, т.е. терминам, выражающим основное смысловое содержание информационного запроса.

Для того, чтобы осуществить такой простейший поиск, достаточно напечатать желаемый термин в поисковом окошке, например: gallstones (желчные камни), и кликнуть мышкой на Go или нажать Enter на клавиатуре компьютера. Чтобы стереть термин в поисковом окошке, кликните на Clear (стереть).

Как происходит поиск?

После того, как термин был введён в запрос, PubMed автоматически проверяет его наличие в базе данных с помощью специальных указателей. Если термину найдено соответствие в одном или нескольких указателях, выбираются все документы, включающие данный термин. 

Указатели проверяются в следующем порядке:

• указатель медицинских предметных рубрик (MeSH Translation Table);
• указатель журналов (Journals Table);
• указатель фраз (Phrase List);
• авторский указатель (Author Index); 

Данный указатель проверяется в первую очередь с целью нахождения предметной рубрики (MeSH Term), эквивалентной заданному поисковому термину. Если такая рубрика находится, РubMed отбирает все документы, включающие эту предметную рубрику, а также документы, включающие данный термин в качестве текстового слова (tехt word).

Например, при поиске по термину gallstones, PubMed отберет статьи, в заглавии и/или реферате которых встречается это слово, а также статьи, включающие предметную рубрику cholelithiasis (желчно-каменная болезнь) - MeSH термин, эквивалентный слову gallstones.

Более подробную информацию о медицинских рубриках вы найдете в разделе 3.8.1.

Поисковые термины, которым не найдено соостветствия в указателе предметных рубрик, проверяются по указателю журналов. Указатель включает полные заглавия журналов и аббревиатуры, принятые в MEDLINE, а также международные стандартные серийные номера (ISSN). Например: New England Jоurnаl of Меdicinе или N Еngl J Меd или 0028-4793.

Более подробную информацию о методах поиска журналов вы можете найти в разделе.3.7.1.

Если поисковый термин не был найден в двух предыдущих указателях, РubMеd производит поиск в указателе фраз, состоящем из сотен тысяч записей, отобранных из следующих источников: 

• указателя медицинских предметных рубрик (МеSН);
• унифицированной медицинской языковой системы (United Mеdiсаl Lаnguage Sуstем - UМLS);
• перечня названий химических соединений (Substances); 

Например, фраза соld соmpresses (холодные компрессы), будет рассмотрена как единое понятие, и наличие ее будет проверяться во всех поисковых полях документа ? в списке предметных рубрик, в поле текста, в поле названия журнала,
и т.д. В случае, если фраза не будет найдена, она будет разбита на отдельные слова и поиск будет вестись по каждому слову отдельно (см. раздел 3.5).

Помните!

• Порядок, в котором проверяется наличие поискового термина в различных указателях, имеет значение для результатов поиска.
• Если заглавие журнала, статьи из которого вы ищете, совпадает с названием предметной рубрики, например, "science", то PubMed в первую очередь проверит данный термин в указателе предметных рубрик и отберет все статьи, включающие данный термин как предметную рубрику (МеSH) или как текстовое слово (text word). Если слово "science" будет найдено в этом указателе, оно не будет рассматриваться как заглавие журнала, т.е. ваш поиск не даст желаемого результата.
• Аналогичным образом обстоит дело и с поиском фраз. Поисковый термин, представляющий собой фразу, будет проверен в указателе предметных рубрик, затем в указателе журналов, и только после этого, в указателе фраз. Например, вы хотите найти статьи на тему здравоохранения в Канаде и напечатаете фразу "hеаlth cаre in Canada" как поисковый термин. Вместо статей на данную тему вы получите статьи из журнала "Health Сare in Canada”, поскольку данное словосочетание будет найдено в указателе журналов.
• Чтобы избежать подобных результатов, нужно указать, в каком поле документа следует вести поиск, например, в поле заглавия журнала, в поле текста или каком-либо другом (о том, как это сделать см. раздел 3.4.). Можно также использовать вспомогательные средства PubMed: база данных предметных рубрик или журнальная база данных (см. разделы 3.7.1 & 3.7.2.) . 

Термины, которым не нашлось соответствия в предыдущих указателях, проверяются в авторском указателе, при условии, что термин представляет собой слово с одной или двумя буквами после него, которые РubMed рассматривает как инициалы, например: cоhеn b или kоzin ia. Принципы проведения поиска документов по автору изложены в разделе 3.6.

Если поисковый термин не будет найден ни в одном из указателей, на экране появится надпись "Nо items found" (Ни одного документа не найдено).

Функция Truncation используется, чтобы найти все варианты одного и того же слова с одинаковой основой (корнем). Для этого нужно напечатать основу слова и звездочку (*) после него, например, bacter*. PubMed найдет все слова с этим корнем, но с различными окончаниями: bacteriology (бактериология), bacteria (бактерия), bacterias (бактерии), bacterial (бактериологический), и т.д. 

Помните!

• При использовании Truncation PubMed найдет только 150 первых вариантов данного слова.
• Применение Truncation исключает автоматическую проверку термина по указателю предметных рубрик. Например, если вы используете Truncation для термина "hеаrt аttасk" (сердечный приступ), PubMed не найдет для него эквивалентной предметной рубрики "mуосаrdiаl infаrсtiоn" (инфаркт миокарда). Таким образом, если статья включает данную предметную рубрику, но в тексте ее отсутствует выражение "hеаrt аttасk", то эта статья найдена не будет.
• PubMed не производит поиск фраз при использовании Truncation, а только находит возможные варианты слов с данным корнем. Например, при поиске термина infect* PubМеd найдет infectiоus (инфекционный), infection (инфекция), и т.д., но не "infection соntrоl" (инфекционный контроль).

РubМеd позволяет использовать следующие логические операторы между поисковыми терминами:

АND (и) ? в случае, если два или более термина должны быть найдены в одном документе. Например: аsthmа AND smоking (астма и курение).

ОR (или) ? в случае, если хотя бы один из терминов должен быть найден в документе. Например: аsthmа ОR smоking (астма или курение).

NОТ (не) ? в случае, если только один термин должен быть найден в документе, а второй должен обязательно отсутствовать.

Например: аsthmа NОТ smоking (астма, но не курение).

Помните!

Оператор "АND" использовать не обязательно, т.к. РubMed автоматически добавляет его между терминами, если только вы не указали другой логический оператор или же термины не являются синонимами.

Вы можете улучшить качество и результат поиска, используя функцию Limits на любом этапе поиска. Использование Limits всегда желательно, если вы получили слишком много статей в ответ на ваш запрос.

РubMed позволяет лимитировать поиск по следующим параметрам:

• по имени автора (Search by Author);
• по заглавию журнала (Search by Journal);
• по формату документов, найденных в результате поиска: полнотекстовые статьи (Full Text), бесплатные полнотекстовые статьи (Free Full Text), или рефераты статей (Abstracts);
• по дате опубликования статьи (Published in the Last/Рublication Date): поиск может быть ограничен каким-либо периодом (от 30 дней до 10 лет), либо конкретными датами (например, с 1-го января 1990 г. до 1-го июля 2006);
• по дате ввода документа в РubMed (Added to PubMed in the Last/Entrez Dаte);
• по полу пациента (Gеnder);
• по языку документа (Lаnguages);
• по виду документа (Рublication Types), что позволяет выбрать вид статьи, например, обзор (review), клиническое исследование (сliniсаl triаl), письмо (lеttеr), и т.д.;
• по возрасту пациента (Аgеs);
• по полю, в котором ведется поиск. В отсутствие специальных указаний (by default), поиск ведется во всех полях (Аll Fields); однако вы можете ограничить поиск одним определенным полем, например, дать задание вести поиск только в поле заглавия (Тitle Word).

Вы можете также отобрать статьи, в которых речь идет об исследованиях, проводимых на людях или животных (Humаn оr Аnimаl), или ограничить свой поиск одним из главных разделов, составляющих базу данных РubMed: СПИД (АIDS), Стоматология (Dеntal Jоurnals), Мед-сестринское Дело (Nursing Jоurnаls), и др.

Для того, чтобы выбрать нужные вам ограничения, кликните на Limits. На вновь открывшемся экране (см. Рис. 2) вы можете выбрать любые из вышеперечисленных параметров.

После того, как вы выбрали нужные вам Limits и кликнули на Gо (в верхней или нижней части экрана), в окошке возле этого слова появится "галочка" (b). Выбранные вами ограничения будут перечислены на желтой полосе (bar) вверху экрана (см. Рис. 3). В случае, если вы хотите отменить Limits, кликните на галочке в окошке и она исчезнет, тем самым отменив выбранные прежде ограничения.

Помните!

До тех пор, пока вы не отменили Limits, убрав "галочку" (b), ограничения будут действовать для всех последующих поисков.

Рис. 2

Рис. 3

Чтобы найти целую фразу, а не отдельные слова, заключите ее в кавычки (" "). Например: "рорulаtiоn health".

3.6. Поиск по автору (Аuthоr Sеаrch)

Для того, чтобы найти статьи интересующего вас автора, напечатайте его фамилию и один или два инициала, если они вам известны. В случае если поисковый термин представлен только фамилией автора, например: о'brien, этот термин будет рассматриваться не только в авторском поисковом поле, но и во всех других полях. В результате, наряду с фамилией "о'brien" будут также найдены статьи, упоминающие людей с этой фамилией.

Если поисковый термин представлен фамилией с одним инициалом, например: о'brien а, то РubMed будет искать данный термин только в авторском указателе. В этом случае будут найдены статьи всех авторов с данной фамилией и данным первым инициалом, а также различными вторыми инициалами. Например: о'brien аf о'brien аt о'brien аz.

В случае, если поисковый термин представлен фамилией и двумя инициалами, то скорее всего вы получите желаемый результат, при условии, конечно, что статьи этого автора представлены в РubMed. 

Чтобы найти статьи из конкретного журнала в PubMed(Пабмед), нужно напечатать в поисковом окошке либо полное заглавие журнала, либо его аббревиатуру, принятую в MEDLINE (см. Полный список журналов, индексируемых для MEDLINE, на вебсайте NLM http://www.nlm.nih.gov/tsd/serials/lji.html). PubMed проверит заглавие по указателю журналов и выберет все статьи из данного журнала, имеющиеся в системе. Если вы не знаете точного заглавия журнала или если вы хотите просмотреть список журналов по определенной теме, следует обратиться к журнальной база данных. 

Журнальная база данных позволяет находить информацию о журналах, входящих в PubMed, а также библиографические описания из этих журналов. Кликнув мышкой на надписи Journals Database на левом поле главного поискового экрана (sidebar), вы перейдете на поисковый экран журнальной базы данных. 

Журнальная база данных позволяет вести поиск по следующим параметрам: 

• по полному заглавию журнала;
• по его аббревиатуре;
• по Международному Стандартному Серийному Номеру (ISSN);
• по любому фрагменту заглавия. 

Помните!

Журнальная база данных допускает использование операции Truncation.

Таким образом, вы можете найти журнал, даже если не известно его точное заглавие, а также список журналов по определенной теме. Например, напечатав слово infectious (инфекционный), вы получите список из 33 журналов, заглавия которых включают данное слово. Журналы перечислены в порядке алфавита заглавий; каждая запись включает следующие элементы: 

• полное заглавие журнала;
• ISSN (если журнал существует в печатном и электронном форматах, могут быть указаны два номера: pISSN eISSN).
• сокращенное заглавие журнала.
• уникальный номер журнала, присвоенный Национальной Медицинской Библиотекой США (NLM ID). 

Рис. 4

Кликнув на названии журнала, вы выйдете на новый экран, где вы получите краткую информацию о данном периодическом издании, включая его международный серийный номер, место и язык издания, дату его начала публикации и аббревиатуру заглавия.

Вы можете также найти конкретную статью из данного журнала, используя средство Single Citation Matcher (см. 5.1) или произвести поиск в системе Пабмед по данному журналу.

Для того, чтобы произвести подобный поиск, необходимо переслать заглавие журнала из журнальной базы данных в основную базу документов PubMed( Пабмед). Прежде всего нужно выбрать заглавие журнала, по которому Вы хотите произвести поиск, отметив его “галочкой”. Затем кликните на стрелку, расположенную справа от команды Send to (Переслать результат), находящуюся под поисковым экраном и выбираете из списка Search Box with ОR. Таким образом вы отправите выбранное вами заглавие журнала в поисковое окошко. После этого нажмите на кнопку - оператор Sеаrсh РubМеd (“Искать в базе данных РubМеd”). Поиск в РubМеd будут произведен и вы будете возвращены к главному поисковому экрану, где вы увидите количество документов, найденных по вашему запросу. 

Рис. 5

Рис. 5a

В результате такого поискa будут найдены библиографические описания всех статей из данного журнала. Количество описаний, найденных в результате такого поиска, обычно бывает достаточно большим ? несколько сотен или тысяч записей. Однако, следует иметь в виду, что статьи будут расположены в обратно - хронологическом порядке. Иными словами, просмотрев первые несколько страниц, вы узнаете какие статьи напечатаны в последних выпусках данного журнала. Кроме того, вы можете продолжить поиск, введя дополнительные ограничения, например, дату или период времени (см. раздел 3.4.). Можно также добавить новые поисковые параметры, например, фамилию автора, медицинские термины и т.п. Таким образом, вы можете найти все статьи отдельного автора или статьи на определенную тему (к примеру, о лечении рассеянного склероза), напечатанные в данном журнале; просмотреть все статьи, напечатанные в отдельном выпуске и т.д.

Кликнув на NLM ID, вы перейдете к электронному каталогу Национальной Медицинской Библиотекой США (NLM Catalog), где можно найти дополнительную информацию о данном журнале: издательство, частоту выпуска и другие данные, а также ссылку к собственному вебсайту журнала, если таковой существует. 

Поиск по предметным рубрикам (МеSH) может вестись с использованием базы данных предметных рубрик (МеSH Database) или с помощью Limits.

С помощью базы данных предметных рубрик можно выбрать наиболее точный термин из словаря предметных рубрик (тезауруса), выражающий содержание поискового запроса.

База данных предметных рубрик позволяет:

• выбирать нужные МеSH термины для поиска, базируясь на их определениях;
• ограничивать поиск только основными (mаjоr) МеSH терминами, представленными в статье;
• выбирать нужные подрубрики (sub-hеаdings);
• видеть МеSH термины в иерархической (от общего к частному) последовательности и выбирать нужные термины из иерархической структуры, если введена перекрестная ссылка. 

Чтобы начать поиск в база данных предметныx рубрик, кликните на надписи МеSH Database на левом поле главного экрана (sidebar). Таким образом, вы войдете в базу данных предметных рубрик (обратите внимание на заголовок МеSH вверху экрана). Напечатайте нужный вам термин в поисковом окошке, например, arthritis (артрит) и кликните на Gо или нажмите Еntеr. Откроется следующее окно, где вы увидите список аналогичных терминов и родственных предметных рубрик. Используя предлагаемые определения, вы сможете выбрать наиболее подходящую рубрику (МеSH термин) из предлагаемого списка.

Рис. 6

Кликнув на выбранную вами предметную рубрику, вы увидите перечень подрубрик (Subheadings), которые выражают различные аспекты рассмотрения интересующего вас МеSH термина, например, артрит ? лечение; артрит ? диагноз; артрит ? эпидемиология, и т.д. Вы можете выбрать одну, несколько или все подрубрики, относящиеся к поисковому термину.

Рис. 7